projet BIOCAF

Projet : Inventaire Biospéléologie des carrières franciliennes

Carte de prospections

Bilan 2020 :

Le projet a pu continuer à être mené malgré les différents épisodes de la crise sanitaire de cette année. Le financement INPN obtenu a permis de développer trois aspects :

La formation scientifique tout public : par le biais d’un stage de biospéléologie que nous avons organisé avec le cds94 au calendrier de la FFS (Fédération française de spéléologie), nous avons pu en septembre dernier proposer des conférences sur de nombreux thèmes associés à ce projet (histoire de la biospéléo, écologie souterraine, méthodes d’échantillonnage, systématique et taxinomie, biologie moléculaire… ) et travaux pratiques : identification sous loupes binoculaires, de taxons les plus rencontrés dans les carrières d’Ile-de-France à l’aide de clés d’identification illustrées confectionnées pour l’occasion #disponible ici#, et un laboratoire mobile pour apprendre l’extraction d’ADN et la PCR (amplification de l’ADN d’un gène étudié en vu de le séquencer). Nous avons pu investir dans deux nouvelles binoculaires au cds94 pour ce stage.
Ce stage a été mis en place et animé par : Quentin Wackenheim (Laboratoire de géographie physique, EEGC, CDS94), Marina Ferrand. (INRAE, EEGC, CDS94), Sofiane Safi-Stibler (INRAE), et Christophe Hervé (MNHN), et le graphisme et logistique par Guillaume Lapie. (EEGC, CDS94).
22 stagiaires ont pu profiter de cette formation, et d’autres auraient aimer venir, mais n’ont pas pu, faute de place, ou de contrainte Covid. Plusieurs personnes nous ont demandé de reprogrammer ce stage quand ce sera de nouveau possible. Compte rendu du stage #ici#


La publication des données d’inventaire des observations de vie souterraine de cette année dans la base de données CARDOBS. Un peu plus de 200 observations d’identification à l’espèce ont été saisies, représentant une 60ène d’espèces différentes, réparties sur une trentaine de stations. D’autres observations encore non identifiées au rang spécifique sont en cours d’identification. En effet les spécimen sont envoyés, lorsque nécessaire, à des spécialistes du muséum de différents groupes taxonomiques pour validation. Et cette année particulière a mis un peu en retard les identifications non « urgentes » par manque d’accès au laboratoire et matériels.


La mise au point du protocole de barcoding. Une extraction d’ADN peu couteuse mais exploitable pour faire une PCR par la suite. La mise au point des PCR à l’aide de la machine BentoLab, obtenues cette année à l’aide du financement. Les protocoles sont disponible ici :
#Extraction d’ADN#
#PCR#
Nous avons déjà envoyé en séquençage (barcoding du gène CO1) 40 échantillons à Genoscreen. Les séquences seront analysées prochainement dans plusieurs buts : identifier des échantillons trop abîmés, ou juvéniles, enrichir la base de données NCBI Nucleotides d’espèces encore non barcodées, et étudier les variations naturelles intra-population d’espèces cavernicoles introduites dans les souterrains de Paris (Exemple : Leptoneta sp., Scotolemon sp. ).
Cette partie du projet n’est encore qu’à son début, nous avons encore d’autres échantillons à envoyer à séquencer.

En matière de diffusion et de valorisation scientifique : deux communications sont à ce jour acceptées pour le congrès international de l’UIS qui aura lieu en août 2020. Elles prendront la forme d’une communication orale sur les malacofaunes (Is artificial cave a hotspot for mollusc diversity? An overview of the land snail under Paris and surrounding area) et d’un poster sur le genre Leptoneta (Cave-dwelling Spiders from ‘The Catacombs of Paris’ and suburb quarries: Updates of the fauna inventory, Marina ferrand, Christophe Hervé). Par ailleurs, d’autres publications des résultats sont envisagées.




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