Un grand merci à tous les acteurs de ces 2 (4) journées ! C’était une session très agréable et constructive. Programme encore un peu trop chargé, et beaucoup d’infos en si peu de temps… merci de votre patience.
Des visites de cavités, initiation sur corde, prélèvements et observations de micro et macrofaune, conférences, discussions vivantes, tri et identifications de spécimen, extraction d’ADN d’arachnides et guano, PCR, et électrophorèse…. Nous avons peut-être même trouvé un scoop avec un mâle d’une espèce d’araignée qui n’a encore jamais été décrit, et qui ferait objet d’une future publication. 14 stagiaires en tout, 1/2 déjà spéléos, l’autre 1/2 cataphiles, un naturaliste qui va probablement se laisser séduire par les souterrains…
On ne s’est pas ennuyé.
Intervenants :
Quentin Wackenheim, Malacologue (LGP, CNRS)
Christophe Hervé, Arachnologue (MNHN Paris)
Sophie Joimel, Ecologue du sol (INRAE, Agroparitech)
Marina Ferrand, biologie moléculaire (INRAE)
François Chaut, Chiroptérologue.
Vous retrouverez les supports de certains cours en téléchargement #ici#
Voici le programme de ces 2 journées !
16 octobre
Conférences :
Travaux pratiques :
tri / identifications des échantillons prélevés le week-end dernier. Sous binoculaires, à l’aide de clé d’identification.
17 octobre
Conférences :
TP : Extraction d’ADN et PCR
Nous avons extrait l’ADN de plusieurs arachnides et également à partir de Guano de chiroptère (ce qui donnera peut être des identifications dans son plateau repas). Puis fait une PCR sur une sous partie d’un gène mitochondrial utilisé couramment dans le barcoding d’arthropode, COI.
Une électrophorèse nous a ensuite permis de vérifier si la PCR avait fonctionnée comme attendu. La dernière étape consistera a envoyer les échantillons dont la PCR est positive, à la plateforme de séquençage pour obtenir la séquence nucléotidiques et la comparer avec les bases de données de barcoding en ligne. Le résultat final sera des identifications par similarité avec des séquences de la base de donnée (avec statistique de fiabilité).
Fin du tri des échantillons
Fin de journée, il fait déjà nuit le temps que la pcr se termine, et que le gel finisse sa migration….
Le signal du fluorochrome est un peu faible, mais 5 des 7 échantillons ont amplifié en PCR.
